Em 2006 teve início um projeto da Fapesp, em nome da Disciplina de Informática Médica da Faculdade de Medicina da USP, em Mogi das Cruzes que prevê a avaliação do uso do Sistema Enscer para desenvolvimento cognitivo de crianças portadoras de necessidades educativas especiais. 16 professores da rede recebem bolsas mensais para trabalharem com 400 alunos selecionados pelos professores de 4 escolas do município, escolas essas escolhidas pela secretaria segundo as áreas de maior risco de exclusão social e com maior disponibilidade de espaço e acesso.
Como primeira etapa do projeto, os professores do projeto Fapesp-Mogi cadastrarão os alunos selecionados pelos professores da rede que apresentam alguma dificuldade de aprendizagem. Em seguida, realizam a Anamnese com as mães dessas crianças. Preenchem um formulário no Portal Enscer com as informações pertinentes acerca da Gestação, Primeira Infância e Antecedentes Familiares, colhidas durante a anamnese.
Como segunda etapa, os professores realizam um protocolo de Avaliação Pedagógica da linguagem e da capacidade matemática dessas crianças com o uso do software Aprendendo com Juca e Laura do Projeto Enscer.
Realizada a Avaliação Pedagógica do aluno ele é convocado para ser atendido 2 vezes por semana em um laboratório de informática dentro de um grupo de 10 alunos com desenvolvimentos cognitivos semelhantes e assistidos pelo professor do projeto. Cada atendimento semanal é focado em Língua Portuguesa ou Matemática e o material utilizado é o próprio software Aprendendo com Juca e Laura, como metodologia de ensino.
